En 1839 Nicholas Schaeffer establece Schaeffer Manufacturing Co en San Luis, MO, donde hoy todavía se encuentra la compañía. Inicialmente la compañía producía jabones y velas. Luego comienza a fabricar aceites y grasas para apoyar la expansión hacia el oeste durante la fiebre del oro de California. Los lubricantes de Schaeffer se venden bajo el paraguas de los nombres de marca Red Engine Oil y Black Beauty Grease.
Schaeffer Manufacturing Co. produce sus lubricantes a partir de los derivados de grasas animales, los cuales se usaban para hacer jabones y velas de la compañía. Después de 1859, la compañía usa petróleo como la base de sus lubricantes. Para 1862, las ventas alcanzan 1 millón de dólares anuales y la compañía comercializa y vende bienes por todo el país.
En 1880 Jacob Schaeffer se convierte en Presidente de la compañía después de la muerte de su padre, Nicholas Schaeffer. Cuarenta años después de que se fundó la compañía, Schaeffer Manufacturing Co. es el fabricante más grande de jabones y velas al oeste del Río Mississippi. Boss es la marca de la compañía para sus jabones de barra para lavar y Star para sus velas.
Cuando el yerno de Jacob Schaeffer, William Shields, se convierte en el Presidente de la compañía en 1917, el aceite y la grasa representan el 20% de las ventas. Bajo el liderazgo de William, la compañía conserva su mercado de lubricantes al hacer aceite de marca propia para otras compañías.
William Shields se mantiene como Presidente de Schaeffer Manufacturing Co. hasta 1947 cuando sus hijos, Gwynne y Tom Shields, asumen el liderazgo de la compañía. En lo que se describe como una nueva vida en el negocio, los dos moldean la compañía en lo que es hoy. Hacia el fin de la década, la compañía se enfoca exclusivamente en desarrollar y vender su propia marca de lubricantes. Es durante este periodo de transición que Mike Ryterski se une a la compañía; más adelante él desarrolla varias fórmulas propiedad de Schaeffer.
En 1951, Marty Schwab se une a la compañía y es ascendido rápidamente al cargo de Gerente de Ventas. Marty, junto con Tom Shields, cambian el concepto de comercialización de la compañía para vender directamente al consumidor. Durante los años 50, Schaeffer Manufacturing Co. introduce su primera línea de aditivos para combustible.
Mike Ryterski y Gwynne Shields comienzan una línea altamente especializada de lubricantes que lanza el disulfuro líquido soluble de molibdeno ("moly"). La calidad superior de estos productos, junto con la fuerza de ventas desarrollada por Tom Shields y Marty Schwab, resultan en un crecimiento enorme de la compañía.
Después de la muerte de Gwynne Shields en 1980 y de Tom Shields en 1982, los hermanos Jacqueline Herrmann y John Shields, se convierten en los dueños de cuarta generación sucesiva de Schaeffer Manufacturing Co. Los hijos de Jacqueline se unen al equipo de gerencia; Tom Herrmann se convierte en Presidente y Bill Herrmann dirige la planta. Comprometidos con mantener el negocio bajo propiedad de la familia, Jacqueline y John crean un fideicomiso irrevocable para evitar la venta de la compañía. En 1986, la revista Lubes ‘n Greases reconoce a Schaeffer Manufacturing Co. como una de las compañías líder en el uso de disulfuro de molibdeno como un modificador de fricción.
Las ventas alcanzan los $24 millones anuales y Schaeffer Manufacturing Co. comienza a vender productos en el mercado internacional. La compañía dona grasa al Departamento de Defensa para abordar los problemas encontrados en la Operación Tormenta del Desierto, por lo cual la compañía recibe un Certificado de Apreciación del Presidente George H.W. Bush. En 1999, Schaeffer Manufacturing Co. obtiene el Certificado de Calidad ISO.
La compañía experimenta otra escalada en el crecimiento, con ventas cerca de duplicarse: de $53 millones a $100 millones en menos de 10 años. Jay Shields, hijo del Director John Shields, es nombrado Presidente en 2006, quien trabajó para la compañía desde 1976. Schaeffer Manufacturing Co. continúa mejorando su línea de productos, y en 2008, la compañía presenta un aditivo revolucionario para aceite HTC que previene el barniz, VarniShield®.
Schaeffer Manufacturing Co. lanza su programa Especialista Certificado en Lubricantes. En 2010, la compañía compra una planta de fabricación de 60,000 pies cuadrados, con lo cual el espacio de trabajo total de la compañía pasa a ser casi de 200,000 pies cuadrados. Un cliente de hace mucho tiempo, Security Transport Services, tiene un motor de gasolina Ford E150 que llega a un millón de millas sin necesitar trabajos importantes del motor; al vehículo se le hizo servicio exclusivamente con lubricantes Schaeffer. En 2014, Schaeffer Manufacturing Co. celebra su 175º aniversario y honra los 200 años del nacimiento del fundador de la compañía, Nicholas Schaeffer.